Le Secrétariat du CISRI est composé par l'Office du Secrétaire Général et par trois Départements:
Département I : Programme sur le Micro-Algues Alimentaires, déroulé par: ISP (Institution pour l'utilisation de la Micro-Algue Spiruline contre la Malnutrition), le principal programme scientifique de l'Organisation
PROGRAMME SPIRULINE DU CISRI
Département II: Développement Durable:
Culture du Riz
Nouvelles Technologies Agricoles
Bio Gaz
Enérgie Solaire
Département III: Innovation pour la Coopération
Système de cuisine solaire pour les Pays en Voie de Développement
Assainissement de l'Eau
Vaccinations et Immunisations
Urgences Naturelles et préventioin des Désastres (Paragraphe 5 du préamble à l' Accord International établissant le CISRI)
